职称：讲师
所在部门：计算机科学与工程系
电话：
杨亚宁，博士，讲师。2023年毕业于湖南大学计算机科学与技术专业，获工学博士学位。主要研究方向包括高性能计算、基因组序列比对、基因组结构变异检测。 近年来在Briefings in Bioinformatics、IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics、Bioinformatics、Nature Machine Intelligence等多个重要期刊和会议上发表论文10余篇。 参与国家重点研发计划、国家自然科学基金面上项目、湖南省自然科学基金等多项项目。 担任BIBM、HPCC、ISBRA、ICIC、IJPRAI、Bioinformatics等会议和期刊审稿人。
欢迎有志于高性能计算、生物信息学研究的硕士和本科生加入我们的研究团队！团队提供丰富的科研资源和良好的研究氛围，重点培养学生的独立科研能力和创新思维。对于有意向的同学，请联系邮箱：ynyang@xtu.edu.cn
工作经历
2023 - 至今 2024年欧洲杯举办地·网络空间安全 专任教师
研究领域
1.高性能计算，包括大规模并行计算框架和并行程序优化，包括同构多核和异构众核（如NVIDIA GPU、MT-3000 CPU）；
2.生物信息学，基于第二、三带基因组测序数据的序列比对、结构变异检测、变异致病性预测等。
代表作
1. Yang Yaning, Wang Xiaoqi, Zhou Deshan, Wei Dong-Qing, Peng Shaoliang. SVPath: an accurate pipeline for predicting the pathogenicity of human exon structural variants[J]. Briefings in Bioinformatics, 2022, 23(2): bbac014. （IF=13.994，Top期刊）
2. Yang Yaning, Wang Xiaoqi, Xu Ying, Yang Chao, Jiang Bin, Peng Shaoliang. ParaPindel: a scalable coordinated parallel detection framework for human genome-wide structural variation[C]//2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). IEEE, 2021: 574-579. （CCF B类会议）
3. Yang Yaning, Wang Xiaoqi, Peng Shaoliang. A Dynamic Protection Mechanism for GPU Memory Overflow[C]//IFIP International Conference on Network and Parallel Computing(NPC). Springer, Cham, 2020: 30-40. （CCF C类会议）
4. Peng Shaoliang, Yang Yaning, Liu Wei, Li Fei, Liao Xiangke. Discriminant projection shared dictionary learning for classification of tumors using gene expression data[J]. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics(TCBB), 2019, 18(4): 1464-1473. （CCF B类期刊）
5. Xiaoqi Wang, Yingjie Cheng, Yaning Yang, Fei Li, Shaoliang Peng. Multi-task Joint Strategies of Self-supervised Representation Learning on Biomedical Networks for Drug Discovery. Nature Machine Intelligence. （SCI 一区， Top 期刊）
6. Wang Xiaoqi, Yang Yaning, Li Kenli, Li Wentao, Li Fei, Peng Shaoliang. BioERP: biomedical heterogeneous network-based self-supervised representation learning approach for entity relationship predictions[J]. Bioinformatics, 2021, 37(24): 4793-4800.（SCI 2区，Top期刊）
7. Xin Bin, Yang Yaning, Xie Xiaolan, Shang Jiandong, Liu Zhengyu, Peng Shaoliang. Detecting and Classifying Nuclei Using Multi-Scale Fully Convolutional Network[J]. Journal of Computational Biology, 2022.（SCI 4区）
8. Xin Bin, Yang Yaning, Wei Dongqing, Peng Shaoliang. CFCN: A Multi-scale Fully Convolutional Network with Dilated Convolution for Nuclei Classification and Localization[C]//International Symposium on Bioinformatics Research and Applications(ISBRA). Springer, Cham, 2021: 314-323. （CCF C类会议）
9. Sun Zhe, Peng Shaoliang, Yang, Yaning, Wang Xiaoqi, Li Fei. A general fine-tuned transfer learning model for predicting clinical task acrossing diverse ehrs datasets[C]//2019 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). IEEE, 2019: 490-495.（CCF B类会议）
10. Weiming Xiang, Yingbo Cui, Yaning Yang, Ang Zhang, Boya Ji, Shaoliang Peng. MSVF: Multi-task Structure Variation Filter with Transfer Learning in High-throughput Sequencing[C]//2022 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). IEEE, 2022: 293-296. （CCF B类会议）
11.Xiaoqi Wang, Yuqi Wen, Yixin Zhang, Chong Dai, Yaning Yang, Xiaochen Bo, Song He, Shaoliang Peng. A hierarchical attention network integrating multi-scale relationship for drug response prediction[J]. Information Fusion, 2024, 110: 102485. （SCI 一区， Top期刊）
科研项目
1.科技部重点研发计划，精准医学大数据的有效挖掘与关键信息技术研发-课题5高通量生物医学数据高效算法与并行计算，参与；
2.国家自然科学基金面上项目，面向大规模异构体系结构的生物医药大数据并行算法及优化关键技术研究，参与；
3.国家自然科学基金联合重点项目，面向复杂环境的边缘计算支撑关键技术，参与；
4.国家自然科学基金联合重点项目，面向生物威胁快速反应的大数据分析方法研究，参与。
社会兼职
1.CCF 专业会员；
2.担任BIBM、HPCC、ISBRA、ICIC、IJPRAI、Bioinformatics等会议和期刊审稿人。
荣誉获奖
1.项目负责人，第四届湖南省“互联网+”大学生创新创业大赛，天河超算上的骨质疏松智能筛查机器人，一等奖；
2.第五届湖南省“互联网+”大学生创新创业大赛，基于超算的人工智能家庭医生，二等奖。
